使用容器进行 R 开发

目录

前提条件

完成 容器化 R 应用程序。

概览

在本节中，你将学习如何为容器化应用程序设置开发环境。这包括

  • 添加本地数据库并持久化数据
  • 配置 Compose 在你编辑和保存代码时自动更新正在运行的 Compose 服务

获取示例应用程序

你需要克隆一个新的仓库以获取包含连接数据库逻辑的示例应用程序。

切换到你想克隆仓库的目录，并运行以下命令。

$ git clone https://github.com/mfranzon/r-docker-dev.git

配置应用程序以使用数据库

为了测试 Shiny 应用程序与本地数据库之间的连接，你必须修改 Dockerfile 中的 COPY 指令

-COPY src/ .
+COPY src_db/ .

添加本地数据库并持久化数据

你可以使用容器设置本地服务，例如数据库。在本节中，你将更新 compose.yaml 文件以定义数据库服务和用于持久化数据的卷。

在克隆的仓库目录中，使用 IDE 或文本编辑器打开 compose.yaml 文件。

在 compose.yaml 文件中，你需要取消注释用于配置数据库的属性。你还必须挂载数据库密码文件并在 shiny-app 服务上设置一个环境变量，指向容器中该文件的位置。

以下是更新后的 compose.yaml 文件。

services:
  shiny-app:
    build:
      context: .
      dockerfile: Dockerfile
    ports:
      - 3838:3838
    environment:
      - POSTGRES_PASSWORD_FILE=/run/secrets/db-password
    depends_on:
      db:
        condition: service_healthy
    secrets:
      - db-password
  db:
    image: postgres
    restart: always
    user: postgres
    secrets:
      - db-password
    volumes:
      - db-data:/var/lib/postgresql/data
    environment:
      - POSTGRES_DB=example
      - POSTGRES_PASSWORD_FILE=/run/secrets/db-password
    expose:
      - 5432
    healthcheck:
      test: ["CMD", "pg_isready"]
      interval: 10s
      timeout: 5s
      retries: 5
volumes:
  db-data:
secrets:
  db-password:
    file: db/password.txt

注意

要了解 Compose 文件中的指令详情，请参阅 Compose 文件参考。

在使用 Compose 运行应用程序之前，请注意此 Compose 文件指定了一个 password.txt 文件来存放数据库密码。你必须创建此文件，因为它未包含在源代码仓库中。

在克隆的仓库目录中，创建一个名为 db 的新目录，并在该目录中创建一个名为 password.txt 的文件，其中包含数据库密码。使用你喜欢的 IDE 或文本编辑器，将以下内容添加到 password.txt 文件中。

mysecretpassword

保存并关闭 password.txt 文件。

现在，你的 r-docker-dev 目录中应该包含以下内容。

├── r-docker-dev/
│ ├── db/
│ │ └── password.txt
│ ├── src/
│ │ └── app.R
│ ├── src_db/
│ │ └── app_db.R
│ ├── requirements.txt
│ ├── .dockerignore
│ ├── compose.yaml
│ ├── Dockerfile
│ ├── README.Docker.md
│ └── README.md

现在，运行以下 docker compose up 命令来启动你的应用程序。

$ docker compose up --build

现在通过在浏览器中打开以下地址来测试你的数据库连接

http://localhost:3838

你应该会看到一个弹出消息

DB CONNECTED

在终端中按 ctrl+c 来停止你的应用程序。

自动更新服务

使用 Compose Watch 在你编辑和保存代码时自动更新正在运行的 Compose 服务。要了解 Compose Watch 的更多详细信息，请参阅 使用 Compose Watch。

compose.yaml 文件中的第 15 到 18 行包含一些属性，当当前工作目录中的文件发生更改时，这些属性会触发 Docker 重新构建镜像

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services:
  shiny-app:
    build:
      context: .
      dockerfile: Dockerfile
    ports:
      - 3838:3838
    environment:
      - POSTGRES_PASSWORD_FILE=/run/secrets/db-password
    depends_on:
      db:
        condition: service_healthy
    secrets:
      - db-password
    develop:
      watch:
        - action: rebuild
          path: .
  db:
    image: postgres
    restart: always
    user: postgres
    secrets:
      - db-password
    volumes:
      - db-data:/var/lib/postgresql/data
    environment:
      - POSTGRES_DB=example
      - POSTGRES_PASSWORD_FILE=/run/secrets/db-password
    expose:
      - 5432
    healthcheck:
      test: ["CMD", "pg_isready"]
      interval: 10s
      timeout: 5s
      retries: 5
volumes:
  db-data:
secrets:
  db-password:
    file: db/password.txt

运行以下命令以使用 Compose Watch 运行你的应用程序。

$ docker compose watch

现在，如果你修改 app.R，你将无需重新构建镜像即可实时看到更改！

在终端中按 ctrl+c 来停止你的应用程序。

总结

在本节中，你了解了如何设置 Compose 文件以添加本地数据库并持久化数据。你还学习了如何使用 Compose Watch 在更新代码时自动重新构建和运行你的容器。

相关信息

下一步

在下一节中，你将了解如何使用 GitHub Actions 设置 CI/CD 流水线。

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